COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 13.394739
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.421273
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.527019
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 13.669843
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 13.767870
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 13.877174
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 13.977505

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 10.720502
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 10.463529
2021-02-15 17:00:00 3.670041 12.443096 10.107748
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 10.041331
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 10.094095
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 9.991055
2021-02-11 17:00:00 8.051290 13.303769 10.139867

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 11.409396 16.748768 16.339007
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 16.548247
2021-02-15 17:00:00 12.946429 16.650246 16.615341
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 16.682025
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.467586
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 16.275720
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 15.939036

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 7.106910
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 7.182549
2021-02-15 17:00:00 9.384164 5.579773 7.155498
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 7.044367
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.090326
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.238459
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 7.304907

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 13.952799
2021-02-16 17:00:00 17.466913 13.124284 14.046453
2021-02-15 17:00:00 14.721122 24.215178 14.338338
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 14.704116
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 14.802297
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 14.931392
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 15.027971

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 24.051724
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 24.360256
2021-02-15 17:00:00 42.279635 27.481972 24.668030
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 25.131802
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 25.412257
2021-02-12 17:00:00 29.986352 29.986352 25.675840
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 25.702363

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.477970
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 12.516004
2021-02-15 17:00:00 9.638554 11.773347 12.665587
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 12.855478
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 13.178199
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 13.454789
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 13.807742

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.450992
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.418902
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.380530 5.395515
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.444685
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.440264
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.438397
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.479880

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 10.058594 12.148614 10.973748
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.082164
2021-02-15 17:00:00 13.739377 7.777110 11.285373
2021-02-14 17:00:00 15.792507 11.052844 11.834363
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 12.193907
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 12.489420
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 12.825689

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 20.804332
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 20.946014
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 20.926094
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 20.801941
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 20.842291
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.541167
2021-02-11 17:00:00 20.496842 20.496842 20.413406

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 11.301460
2021-02-16 17:00:00 9.248748 9.248748 11.225705
2021-02-15 17:00:00 21.297837 3.811793 11.358606
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 11.540533
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 11.696167
2021-02-12 17:00:00 15.084944 15.084944 11.861043
2021-02-11 17:00:00 11.707533 15.966260 12.069057

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 9.245603
2021-02-16 17:00:00 2.405498 2.405498 9.149056
2021-02-15 17:00:00 12.023460 12.023460 9.324598
2021-02-14 17:00:00 8.811959 8.811959 9.522176
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 9.610014
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 9.784603
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 9.995039

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 81.732881
2021-02-16 17:00:00 155.371901 88.958991 84.208800
2021-02-15 17:00:00 52.475248 52.475248 85.712100
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 85.702470
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 87.409031
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 87.840949
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 89.057882

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 77.049874
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 76.046418
2021-02-15 17:00:00 16.560510 131.847134 74.027982
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 73.080370
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 72.935468
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 72.769087
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 72.135137

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 12.397102
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 12.269844
2021-02-15 17:00:00 15.363031 7.675458 12.088916
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 12.224582
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 12.342973
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.478103
2021-02-11 17:00:00 18.819247 11.601773 12.716555

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 24.822329
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 24.494008
2021-02-15 17:00:00 17.903477 17.903477 25.112430
2021-02-14 17:00:00 56.264412 56.264412 25.863797
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 26.061723
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 26.413135
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 26.658354

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.331925
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.316364
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.363680
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.593598
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 4.711054
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 4.911701
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 5.222489

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.572549
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 9.903942
2021-02-15 17:00:00 8.266932 6.099577 10.109739
2021-02-14 17:00:00 13.030468 8.837638 10.374893
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 10.699963
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 10.917575
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 11.217609

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 7.096563
2021-02-16 17:00:00 5.905826 7.652523 7.064423
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.532458 7.188465
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 7.317972
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 7.440794
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 7.586922
2021-02-11 17:00:00 8.993964 7.097586 7.765002

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 27.062493
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 26.944884
2021-02-15 17:00:00 64.497041 27.081742 26.118309
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 26.003290
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 25.785665
2021-02-12 17:00:00 33.021390 33.021390 25.774948
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 25.671905

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 14.736842 9.473684 8.156036
2021-02-16 17:00:00 3.225806 4.301075 8.634235
2021-02-15 17:00:00 37.500000 9.782609 9.087874
2021-02-14 17:00:00 4.629630 5.494505 9.339375
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 9.673499
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 9.877517
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 10.219636

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 23.701772
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 24.006735
2021-02-15 17:00:00 17.007763 24.794469 23.797097
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 23.836156
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 24.170912
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 24.291825
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 24.568702

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.443491 10.443491 10.720502
Basilicata 11.409396 16.748768 16.339007
Calabria 7.465964 7.465964 7.106910
Campania 12.648571 12.648571 13.952799
Emilia-Romagna 17.860254 17.860254 24.051724
Friuli Venezia Giulia 11.863199 11.863199 12.477970
Lazio 5.489380 5.489380 5.450992
Liguria 10.058594 12.148614 10.973748
Lombardia 19.450877 19.450877 20.804332
Marche 13.522825 13.522825 11.301460
Molise 9.950249 9.950249 9.245603
P.A. Bolzano 69.551777 69.551777 81.732881
P.A. Trento 73.349057 73.349057 77.049874
Piemonte 13.108256 13.108256 12.397102
Puglia 22.297980 22.297980 24.822329
Sardegna 4.890085 4.890085 4.331925
Sicilia 8.570923 8.570923 9.572549
Toscana 7.681606 7.681606 7.096563
Umbria 34.245504 34.245504 27.062493
Valle d'Aosta 14.736842 9.473684 8.156036
Veneto 17.342263 17.342263 23.701772

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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